尼康顯微鏡在使用攝像頭時，很多時候會出現顏色嚴重失真的情況，這是由于不同色溫的光線照射在樣品上的時候，攝像頭呈現出來的顏色會不同。當我們用不同光線照射樣品，CCD彩色信號輸出不平衡就會造成上述情況。
我們平時看到的太陽光是多種光復合而成，這種光呈白色，它的色溫在5200K左右。而我們使用的白熾燈只有3000K左右，用傳統相機的白光片拍照時，白熾燈色溫低因此會顯紅色所以通?，F場光線的色溫低于相機設定的色溫時，往往偏黃偏紅，現場光線的色溫高于相機設定時，就會偏藍。
那么什么是CCD的白平衡呢，CCD的白平衡裝置就是根據色溫的不同，調節感光材料（CCD）的各個色彩應強度，使色彩平衡。由于白色的物體在不同的光照下人眼也能把它確認為白色，所以，白色就作為確認其他色彩是否平衡的標準，或者是說當白色正確地反映成白色時，其他的色彩也就正確了，平衡了，這就是白平衡的含義。
作為尼康顯微鏡攝像頭的默認設置，自動白平衡通過一張結構復雜的矩形圖，來決定畫面中的白平衡基準點，以此來達到白平衡調校。這種自動白平衡的準確率是有一定限制。因此還需要手動白平衡、區域白平衡來防止偏色。
影響圖像清晰度而可以設法校正的一種像差是像散。和透射電鏡中一樣，掃描電鏡鏡筒的下部也裝有一個消像散器。應該認真調節消像器才能保證得到好的圖像。如果像散量過大，消像散器的校正場已不足補償其缺陷，就必須盡快清洗電鏡的光路區，尼康顯微鏡景深有多大尤其是本透鏡和末光闌部分。景深有多大只要這種變化恰好能補償樣品傾斜所造成的高度差時，圖像的全視野都能達到同樣的清晰度。